Het logo van de Protestantse Kerk Gouda (officiële naam Protestantse Gemeente Gouda) is gebaseerd op de zegels van de Gereformeerde Kerk en de Hervormde Gemeente. In beide zegels zit veel symboliek die in het nieuwe logo behouden blijft.
De handen uit het zegel van de Hervormde Gemeente zijn opnieuw afgebeeld. Zij zijn nog steeds samengevouwen als teken van samenwerking en vriendschap, maar ook open en naar boven gericht als teken van verwachting van het werk van de Heilige Geest, afgebeeld als een duif.
De lelies uit het zegel van de Gereformeerde kerk liggen in de handen verwijzend naar de kerk als bruid van Christus.
De achtergrond van het logo wordt gevormd door de oranje bladeren van de goudsbloem. Een symbool voor de stad Gouda. De oranje kleur verwijst ook naar het logo van de PKN.
Op de bladeren is het kruis van Christus geprojecteerd in de vorm van een witte uitsparing. Net als bij de oude zegels is de naam van de nieuwe gemeente rondom het logo afgebeeld.