Organisatie 

Diakenen in wijkgemeenten
Het werk van de diaconie steunt in de eerste plaats op de diakenen van de Protestantse wijkgemeenten in Gouda: De Oostpoort; De Veste; Ontmoetingskerk; Pauluskerk; Sint-Janskerk (wijk A en B) en de Westerkerk. 

Diakenen gaan de gemeente voor in het omzien naar elkaar en naar de wereld om ons heen. Zij doen dat op verschillende manieren. De meest zichtbare manier is dat diakenen iedere zondag in de dienst geld inzamelen voor een goed doel, bijvoorbeeld een noodhulporganisatie of projecten voor hulpbehoevenden. Diakenen zijn ook degenen die bij de vieringen van het heilig avondmaal in de kerkdienst het dekken van de tafel en het verzorgen van brood en wijn voor hun rekening nemen. Iedere wijkgemeente heeft een aantal diakenen aangesteld. Diakenen zijn voor een periode van steeds vier jaar lid van een wijkkerkenraad.

Vijf aandachtsgebieden (clusters)
Bij de diaconale activiteiten van de Protestantse Kerk Gouda werken alle wijkgemeenten samen. De diaconie kent vijf aandachtsgebieden waarbij meerdere diakenen vanuit diverse wijken in clusters samenwerken om het werk uit te voeren. De ondersteuning die wordt geboden vanuit de clusters is in eerste instantie gericht op de gemeenteleden van de genoemde wijkgemeenten.

College van diakenen
De wijkdiaconieën hebben elk een vertegenwoordiger in een overkoepelend orgaan, het College van diakenen. Het College zet zich in voor het diaconale werk op stadsniveau. In onderling overleg zorgt men voor het diaconaal beheer van de financiële middelen. Daarnaast wordt gezorgd voor een diaconaal beleid, het voorlichten van de wijkgemeenten, het toerusten van wijkdiaconieën, het verzorgen van communicatiemiddelen en het instellen en ondersteunen van diaconale werkgroepen. De moderamina, het bestuur, bereiden de collegevergaderingen voor.

PKN
De Protestantse Kerk Nederland is in 2004 ontstaan  door fusie van drie kerkgenootschappen: de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden. Het hoofdkantoor van de PKN is gevestigd in Utrecht. Het landelijk diaconaat en het werelddiaconaat worden behartigd door Kerk in Actie.