Het archief van de Protestantse Kerk Gouda is ondergebracht in het Streekarchief Midden-Holland. Hier bevinden zich de stukken van de diverse kerkelijke organisaties tot 1997. De meeste stukken van na 1997 worden bewaard in de Sint-Janskerk, waar deze door de archivaris gereed gemaakt worden voor opslag in het Streekarchief. Kerkbeheer is vertegenwoordigd in de Klantenraad van het Streekarchief.
Kerkenraden, kerkbeheer, diaconie en kerkelijke commissies worden verzocht relevante stukken regelmatig bij de archivaris in te leveren; zowel de papieren als de digitale versie wordt gearchiveerd.
Het archief kan voor onderzoek worden geraadpleegd. Hiervoor dient contact te worden opgenomen met de archivaris J.G.Hilgers.